除了列舉扣除額之外，綜所稅還有五項特別扣除額，包括薪資所得、財產交易損失、儲蓄投資、教育學費及殘障特別扣除額等，多多利用這些特別扣除額，也可達到節稅的功能。
一般納稅人最常用到的特別扣除額是薪資所得、教育學費及儲蓄投資等，其中，薪資所得特別扣除額每人七萬五千元，薪資所得未達七萬五千元，以實際所得扣除；教育學費特別扣除額則是每戶每年最多二萬五千元，納稅人申報扶養的「子女」，就讀經教育部認可的國內外大專以上院校（空大、空中專校及五專前三年不適用），教育學費即可申報扣除。
台北市國稅局指出，申報教育學費特別扣除額，應注意下列限制：一、只有納稅人申報扶養的「子女」教育學費才可以扣除，納稅人本人、配偶及受扶養兄弟姊妹的教育學費，都不能列報扣除；二、已接受政府補助或領有獎學金者，應先減除補助或獎學金之後，再以餘額申報扣除，但公教人員領取的子女教育補助費，屬於薪資所得，並非政府補助，申報時不須先減除；三、教育學費包括註冊時繳交的一切費用，如學費、雜費、學分學雜費、實習費及宿舍費等，申報時應檢附註冊繳費收據影本或證明文件。
儲蓄投資特別扣除額則是每戶每年二十七萬元，可申報範圍包括下列四項：一、金融機構的存款利息，但不包括免稅的郵局存簿儲金利息、分離課稅的短期票券利息、分離課稅的受益證券或資產證券利息及私人借貸利息；二、公債、公司債、金融債券的利息。三、儲蓄性質信託資金的收益（扣繳憑單代號是5A）；四、八十七年底以前取得公開發行並上市之「緩課記股票」，於轉讓、贈與、遺產分配、放棄適用緩課或送存集保公司時的營利所得（憑單格式代號是71M）。
不過，台北市國稅局強調，保險公司、票券公司、證券金融公司、證券公司及投資公司等，依規定不得收受存款，因此，納稅人如果取得上述公司的利息所得，如融券保證金的利息收入等，不能申報儲蓄投資扣除額。
